Thành tựu hàng hải của Vasco da Gama đã tìm ra cho châu Âu một hải trình mới tới Ấn Độ vào năm 1498 và tạo thuận lợi cho thương mại Ấn-Âu.[22] Người Bồ Đào Nha nhanh chóng thiết lập các thương điếm tại Goa, Daman, Diu và Bombay. Tiếp theo là người Hà Lan, người Anh thiết lập một thương điếm ở cảng Surat[23] năm 1619— rồi người Pháp. Những cuộc xung đột giữa các vương quốc Ấn Độ đã tạo cơ hội cho thương nhân châu Âu dần dần tạo được những ảnh hưởng chính trị và trú chân vững chắc. Mặc dù những thế lực châu Âu lục địa này đã kiểm soát nhiều khu vực ở Nam và Đông Ấn Độ trong thế kỷ sau đó, cuối cùng họ vẫn để mất tất cả lãnh địa của mình ở Ấn Độ vào tay người Anh, ngoại trừ ngoài Pháp còn giữ được các tiền đồn ở Pondicherry và Chandernagore, người Hà Lan còn giữ được cảng ở Travancore, và người Bồ Đào Nha chỉ còn vài thuộc địa nhỏ ở Goa, Daman, và Diu.

Công ty Đông Ấn Anh được hoàng đế Môgôn là Jahangir cho phép buôn bán với Ấn Độ vào năm 1617.[24] Dần dần họ tăng được ảnh hưởng của mình và làm cho hoàng đế Môgôn trên thực tế là Farrukh Siyar trao cho họ dastaks hay quyền buôn bán tự do ở Bengal vào năm 1717.[25] Nawab of Bengal Siraj Ud Daulah, người cai trị trên thực tế tỉnh Bengal, đã chống lại những nỗ lực của người Anh khai thác quyền lợi này. Điều đó dẫn tới Trận Plassey năm 1757, tại đó "quân đội" của Công ty Đông Ấn do Robert Clive chỉ huy đã đánh bại quân của Nawab. Đây là cơ sở chính trị đầu tiên để người Anh đòi hỏi quyền lợi về lãnh thổ ở Ấn Độ. Clive được Công ty Đông Ấn bổ nhiệm làm "Toàn quyền Bengal" đầu tiên vào năm 1757.[26] Sau Trận Buxar năm 1764, Công ty Đông Ấn đã đòi được quyền dân sự về hành chính ở Bengal; việc này đánh dấu sự khởi đầu của công cuộc cai trị chính thức, mà về sau đã nhấn chính hầu hết Ấn Độ và làm tiêu tan sự thống trị Môgôn cũng như chính vương triều này trong vòng 1 thế kỷ tiếp theo.[27] Công ty Đông Ấn đã giữ độc quyền về thương mại ở Bengal. Họ ban hành chế độ địa tô gọi là Permanent Settlement - một chế độ kiểu phong kiến ở Bengal (xem Zamindar).

Vào những năm 1850, Công ty Đông Ấn đã kiểm soát gần hết tiểu lục địa Ấn Độ, bao gồm cả Pakistan và Bangladesh ngày nay. Chính sách cai trị của họ đôi khi được mô tả cô đọng là Chia để trị, lợi dụng sự kình định giữa các tiểu vương quốc, các nhóm xã hội và tôn giáo. Trong thời kỳ British Raj, nạn đói, thường góp phần làm cho các chính sách cai trị thất bại, một vài trận đói khủng khiếp nhất còn được ghi chép lại, gồm cả Đại nạn đói 1876–78, đã khiến cho từ 6,1 triệu đến 10,3 triệu người chết[28] và nạn đói ở Ấn Độ 1899–1900, làm từ 1,25 triệu đến 10 triệu người chết.[29] Đại dịch hạch lần thứ ba khởi đầu từ Trung Quốc giữa thế kỷ XIX, lây lan khắp lục địa và đã làm 10 triệu người Ấn Độ thiệt mạng.[30] Mặc dù dịch bệch và nạn đói thường trực, nhưng dân số của tiểu lục địa Ấn Độ, đã tăng từ 125 triệu vào năm 1750, lên 389 triệu vào năm 1941.[31]

Phong trào lớn đầu tiên chống lại sự thống trị khắc nghiệt của Công ty Đông Ấn Anh quốc là Khởi nghĩa Ấn Độ năm 1857, còn gọi là "Binh biến Ấn Độ" hay "Binh biến lính Ấn" hay "Chiến tranh Độc lập lần thứ nhất". Sau 1 năm lạc loạn, quân đội của Công ty Đông Ấn với sự hỗ trợ của quân đội Anh đã trấn áp được cuộc nổi dậy. Lãnh tụ trên danh nghĩa của cuộc nổi dậy, vị hoàng đế Môgôn cuối cùng Bahadur Shah Zafar, phải lưu vong ở Miến Điện, các con của ông bị chém đầu và dòng dõi Môgun chấm dứt. Ngay sau binh biến, toàn bộ quyền lực đã được chuyển từ tay Công ty Đông Ấn sang Nhà nước Anh. Nhà nước Anh cai trị hầu hết Ấn Độ làm thuộc địa; phần đất của Công ty Đông Ấn do công ty này trực tiếp kiểm soát và phần còn lại thông qua các tiểu vương Ấn Độ. Có khoảng 565 tiểu vương quốc ở tiểu lục địa Ấn Độ vào thời điểm người Anh trao trả độc lập cho Ấn Độ vào tháng 8 năm 1947.[32]